Comme le dit Joe Dassin, ça devient plus ou moins automatique, mais mon prof m'a dit que, dans les passages difficiles, il compte lui aussi, et pourtant c'est un excellent pianiste très virtuose.
Pour que ça rentre, il y a un bon vieux truc. Se fixer un tempo et jouer des gammes d'abord en noires, ensuite en croches, en triolets de croches, en double croches etc. Puis, toujours au métronome et toujours sur des gammes ou des exercices simples, alterner une mesure de croches et une mesure de triolets de croches, ou de doubles croches etc.
En ce qui concerne le métronome, d'accord avec honnie, il est indispensable (et très ch...) mais pas suffisant. Il faut aussi avoir le rythme dans la peau. Quand je travaille uniquement une main, je bats la mesure sur ma cuisse avec l'autre main.