Ouais limer le sillet je m'y risquerais pas perso.
Tu peux essayer de changer les cordes, le jeu d'origine est peut être la depuis trop longtemps même si il à l'air neuf. Peut être que la corde de sol provient d'un jeu différent ? Va savoir...
Vérifie au passage les points de contacts au niveau du sillet et du chevalet pour voir si tu vois une différence avec les autres cordes. Tu peux essayer le graphite dans la rainure ou coulisse la corde aussi. Éventuellement un réglage des harmoniques ça ne peut pas faire de mal (voir section débutant)
Et si le problème est toujours la il te restera l'option luthier. Il n'y a que 3 causes possible de toute façon, les cordes, le sillet, ou le chevalet.